Dwa lata później przenosi się na uniwersytet Karola Ferdynanda w Pradze, gdzie studiuje Teologię.

Święcenia kapłańskie powinien otrzymać w roku 1835, ale biskup zadecydował, że nie będzie udzielał święceń.  Dzisiaj trudno sobie wyobrazić coś podobnego, ale wtedy w Bohemii było bardzo dużo kapłanów. Jan pisze więc do wszystkich biskupów Europy, ale wszędzie sytuacja jest podobna. Nikt nie potrzebuje nowych kapłanów. Jan jest nadal przekonany, że ma powołanie kapłańskie, chociaż wszystkie bramy zostają przed nim zamknięte.

Nie daje jednak za wygraną. Nauczył się języka angielskiego, gdy pracował w fabryce z robotnikami mówiącymi po angielsku. Pisze więc do biskupów w Ameryce Północnej. I wreszcie biskup Nowego Jorku zgodził się go wyświęcić. Aby móc zrealizować Boże powołanie do kapłaństwa,  Jan musi opuścić na zawsze swoją ojczyznę i udać się za Atlantyk do nowego i trudnego kraju.

W Nowym Jorku Jan przyłącza się do grupy 36 kapłanów obsługujących diecezję liczącą 200.000 katolików.  Jego parafia w zachodniej części Stanu Nowy Jork rozciąga się od jeziora Ontario aż po Pennsylvanię. Jego kościół nie posiada ani dzwonnicy, ani posadzki, ale nie ma to większego znaczenia, ponieważ Jan prawie zawsze jest w drodze i ciągle przemieszcza się z jednej wioski do drugiej, chodząc nawet po górach, aby odwiedzić chorych. Zatrzymuje się na poddaszach domów i w gospodach, i nawet tam podejmuje próby katechizacji. Mszę św. sprawuje na kuchennych stołach.

Wykonuje olbrzymią pracę, a jego parafia jest odosobniona. Jan czuje pragnienie przynależenia do jakiejś wspólnoty i wstępuje do Redemptorystów, Zgromadzenia kapłanów i braci pracujących dla ubogich i najbardziej opuszczonych.

Jest pierwszym kapłanem, który wstąpił do Zgromadzenia w Ameryce. Śluby zakonne składa Baltimore w roku 1842.

Od samego początku jego zakonni współbracia bardzo go cenią za jego świętość, zapał apostolski i miły sposób bycia. Znajomość 6 współczesnych języków sprawia, że jest w sposób szczególny przygotowany do pracy w wielojęzycznej społeczności amerykańskiej XIX wieku.

Pracuje w Baltimore i w Pitzburgu. W roku 1847 zostaje mianowany wizytatorem, czyli wyższym przełożonym Redemptorystów w Stanach Zjednoczonych.

Ojciec Frederic von Held, przełożony Prowincji Belgijskiej, do której należały domy w Północnej Ameryce, mówi o nim: „Jest wielkim człowiekiem, w którym pobożność łączy się z mocą i roztropnością”.  Trzeba mieć wiele z tych cech, aby przez dwa lata sprawować urząd przełożonego, ponieważ fundacja w Północnej Ameryce przechodzi bardzo trudny okres dostosowawczy.

Kiedy przejmuje po nim urząd ojciec Bernard Hafkenscheid, Redemptoryści w Stanach Zjednoczonych są już lepiej przygotowani, by stać się niezależną Prowincją, co nastąpiło w roku 1850.

Ojciec Neumann został mianowany biskupem Filadelfii i konsekrowano go w Baltimore 28 marca 1852 roku.  Diecezja jego jest olbrzymia i przechodzi okres żywego rozwoju.

Pierwszą rzeczą, której dokonał jako biskup, było zorganizowanie diecezjalnej sieci szkół katolickich. Był twórcą katolickiej formacji w swoim kraju, powiększył do stu w swojej diecezji liczbę szkół katolickich.

Założył zgromadzenie zakonne Sióstr Trzeciego Zakonu Świętego Franciszka do prowadzenia nauczania w szkołach.

Spośród ponad 80 kościołów, wzniesionych w czasie pełnienia posługi biskupiej, należy przede wszystkim wymienić katedrę Świętych Apostołów Piotra i Pawła.

Święty Jan Neumann był niskiego wzrostu i nigdy nie cieszył się dobrym zdrowiem. A jednak w czasie swego krótkiego życia zdołał wiele dokonać. Pomimo tak wielu form zaangażowania duszpasterskiego, znajdował czas nawet na zajmowanie się działalnością pisarską.

Oprócz licznych artykułów jakie pisał do katolickich czasopism, opublikował także dwa katechizmy, a w roku 1849 - historię Biblii do użytku szkolnego.

Do samego końca pozostawał aktywny.

5 stycznia 1860 roku, w wieku 48 lat, zakończył życie na jednej z ulic swego miasta biskupiego, zanim zdołano mu udzielić ostatnich Sakramentów. Beatyfikował go Papież Paweł VI 13 października 1963 roku, on też kanonizował go 27 czerwca roku 1977.