W bardzo wczesnym wieku odkrywa w sobie powołanie do kapłaństwa. Pragnienie bycia kapłanem wyraża już jako dziecko. W roku 1903 biskup Grzegorz Chomyszyn wysyła go na studia do Rzymu. 2 października 1909 roku, podczas krótkiego pobytu na Ukrainie, Czarnecki zostaje wyświęcony na kapłana. O. Mikołaj ponownie wraca do Rzymu, aby kontynuować swoje studia, które kończy zdobyciem doktoratu z teologii.

W roku 1910 Czarnecki zostaje profesorem filozofii i teologii dogmatycznej w seminarium w Stanisławowie. Jest też ojcem duchownym seminarium. Jednak w głębi swego serca pragnie życia konsekrowanego. W październiku 1919 roku wstępuje więc do nowicjatu w Zboiskach k/Lwowa i 16 października 1920 roku składa śluby zakonne jako Redemptorysta.

W roku 1926, Redemptoryści z Prowincji Lwowskiej, pobudzeni wielkim pragnieniem pracy nad pojednaniem chrześcijan i nad ożywieniem wiary opuszczonego ludu, zakładają Centrum Misyjne w Kownie, na Wołyniu. Ponieważ Czarnecki jest zapalonym misjonarzem, zostaje przeznaczony do tego Centrum. Bardzo szybko zyskuje wielki szacunek u miejscowej ludności, a nawet u prawosławnego duchowieństwa. Ojciec Mikołaj otwiera klasztor i kościół w Kownie i bardzo stara się o zachowanie czystości liturgicznej wschodniego rytu. W roku 1931 Papież Pius XI dowiaduje się o niezwykłym dziele ojca Czarneckiego i mianuje go biskupem tytularnym Lebedi oraz Wizytatorem Apostolskim na Wołyniu i Podlasiu. Przez 14 lat tereny te staną się polem apostolskiej pracy Czarneckiego, najpierw jako misjonarza, a następnie jako biskupa.

Jako pierwszy biskup wśród ukraińskich Redemptorystów, Czarnecki jest prześladowany od początku swojej apostolskiej działalności. Podczas okupacji sowieckiej na Ukrainie Zachodniej, w 1939 roku, Redemptoryści zostali zmuszeni do opuszczenia Wołynia. Biskup Czarnecki przenosi się więc do Lwowa, do klasztoru Redemptorystów, przy ulicy Zyblykevycha (obecnie Ivana Franka).

Po ponownym otwarciu Akademii Teologicznej we Lwowie w roku 1941 biskup Mikołaj podejmuje nauczanie filozofii, psychologii i teologii moralnej na tej Akademii. Jego wynikające z mocnej i niewzruszonej wiary opanowanie i duch posłuszeństwa i modlitwy stanowią dla studentów mocną podstawę, by go uważać za świętego człowieka. Biskup Mikołaj Czarnecki jest dla nich przykładem zakonnika i osoby cnotliwej.

W roku 1944 Armia Sowiecka po raz drugi wdarła się do Galicji. Jest to początek dni pełnych goryczy dla biskupa Czarneckiego. 11 kwietnia 1945 roku zostaje aresztowany przez sowiecką tajną policję i osadzony w więzieniu przy ulicy Lońskiego. Wycierpiał tam wiele: trwające całe noce przesłuchania, okrutne pobicie i różne inne tortury. Później przewieziono go do Kijowa, gdzie zadawane mu są cierpienia przez następny rok, w tym czasie też zostaje postawiony pod sąd, który skazuje go na 10 lat więzienia pod zarzutem, że jest „szpiegiem Watykanu”. W więzieniu przebywa początkowo razem z Arcybiskupem Mariinska, Józefem Slipym (Yosyf Slipyi), w regionie Kemeroc (Syberia), a później jeszcze w innych więzieniach.

Według wiarygodnych źródeł, podczas swojego uwięzienia (od jego zatrzymania we Lwowie, w kwietniu 1945, aż do uwolnienia w roku 1956) biskup Czarnecki w sumie przez 600 godzin jest przesłuchiwany i torturowany i przebywa w 30 różnych więzieniach i obozach pracy. Pomimo tych wszystkich cierpień biskup potrafił zawsze znaleźć słowa pociechy dla swoich więziennych kolegów. Umacniał ich duchowo i znał wszystkich po imieniu. Nic więc dziwnego, że biskup Czarnecki był tak popularny wśród więźniów: był dla nich jedynym źródłem pociechy w tym czasie.

Ostatnie lata swego uwięzienia, biskup Czarnecki spędza w szpitalu więziennym w Mordovia. W roku 1956 stan jego zdrowia pogarsza się do tego stopnia, że lekarze nie widzą już nadziei na dalsze życie. Postarano się już dla biskupa o pośmiertne, więzienne ubranie. Widząc jego ciężką sytuację i aby uniknąć odpowiedzialności za spowodowanie śmierci biskupa, administracja więzienna postanawia go uwolnić i wysłać do Lwowa. Po powrocie do Lwowa w roku 1956 i po zapadnięciu na zapalenie wątroby, oraz z powodu wielu innych chorób, biskup Mikołaj Czarnecki natychmiast został odwieziony do szpitala. Wszyscy myśleli, że lada chwila umrze. Ale plany Boże były inne. Bóg decyduje przedłużyć życie człowieka wiary, którego praca jest tak bardzo potrzebna Kościołowi na Ukrainie. Biskup zdrowieje i zostaje przeniesiony do mieszkania przy ulicy Veczirnia nr 7, gdzie przebywa wraz z Bratem Klemensem, C.Ss.R. Biskup Czarnecki kontynuuje tam swój apostolat poprzez spokojne znoszenie cierpień i modlitwę. Większą część swojego czasu poświęca czytanie i modlitwę. Ci, którzy go wtedy odwiedzali twierdzą, że często widzieli go w ekstazie. W czasie swego pobytu we Lwowie, biskup Czarnecki wiernie realizuje posłannictwo Dobrego Pasterza i podtrzymuje na duchu swoich współbraci, przygotowuje też kandydatów do kapłaństwa i udziela święceń ponad dziesięciu diakonom.

Niestety, „cudowne” wyzdrowienie biskupa Czarneckiego nie trwa długo. 2 kwietnia 1959 roku biskup umiera w opinii świętości. Ostatnie jego słowa to wołanie do Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Pogrzeb biskupa odbywa się 4 kwietnia 1959 roku. W archiwum Prowincji Yorkton (Kanada) jest opis jego pogrzebu, który kończy się słowami: „Wszyscy wierzymy, że nadejdzie dzień jego kanonizacji, ponieważ był naprawdę świętym biskupem”.

Wszyscy, którzy znali biskupa Mikołaja Czarneckiego jednomyślnie dają świadectwo o jego świętości. Nie ma nic zaskakującego w tym, że wkrótce po jego śmierci wielu ludzi zwracało się do niego z prośbami. Stając przy grobie biskupa na cmentarzu łyczakowskim, ma się wrażenie, że był on świętym i że wstawia się za nami do Boga. Wielu ludzi odwiedza grób biskupa Czarneckiego, aby się jemu polecić i prosić o wstawiennictwo oraz modlić się do niego w różnych intencjach. Pewna kobieta, której amputowano rękę, bierze ziemię z grobu biskupa i łączy odjętą część ręki z pozostawionym kikutem i zostaje uzdrowiona. Od tego czasu ludzie często biorą ziemię z jego grobu jako lekarstwo przeciw różnym chorobom.

Dowiadując się o świadectwach potwierdzających cnotliwe życie biskupa Czarneckiego, a przede wszystkim o jego męstwie, odwadze i wierności Kościołowi Chrystusowemu w okresie prześladowań, rozpoczęto w roku 1960 proces jego beatyfikacji, który zostaje zakończony 2 marca na szczeblu Eparchii i sprawa zostaje przesłana do Stolicy Apostolskiej. 6 kwietnia 2001 roku Komisja Teologiczna uznaje męczeństwo biskupa Czarneckiego. 23 kwietnia męczeństwo jego jest badane przez zgromadzenie Kardynałów, a 24 kwietnia 2001 roku Ojciec Święty Jan Paweł II podpisuje dekret beatyfikacyjny biskupa Mikołaja Czarneckiego, jako błogosławionego męczennika za wiarę chrześcijańską.