Due anni dopo si trasferisce all'università Charles Ferdinand a Praga, dove studia teologia.

Spera di essere ordinato nel 1835, ma ecco, il vescovo decide che non vi saranno altre ordinazioni. Oggi è difficile immaginare la cosa, ma all'epoca la Boemia era gremita di sacerdoti. Giovanni scrive a tutti i vescovi d'Europa ma la storia si ripete ovunque. Nessuno vuole altri sacerdoti. Giovanni è convinto di essere chiamato al sacerdozio ma tutte le porte che conducono alla vocazione sembrano chiuderglisi in faccia.

Giovanni non rinuncia. Ha imparato l'inglese lavorando in una fabbrica dove i lavoranti parlavano l'inglese. Così scrive ai vescovi in America. Finalmente un vescovo di New York accetta di ordinarlo. Per poter seguire la chiamata di Dio al sacerdozio Giovanni è costretto a lasciare per sempre la sua madre patria e ad attraversare l'atlantico per recarsi in una terra nuova e ancora aspra.

A New York, Giovanni diventa uno dei 36 sacerdoti a servizio di 200.000 cattolici. La sua parrocchia, nella parte occidentale dello stato di New York si estende dal lago Ontario alla Pensilvania. La sua chiesa non ha né campanile né pavimento, ma poco importa perché Giovanni è quasi sempre per via e si sposta di villaggio in villaggio, scalando le montagne per rendere visita ai malati, trovando riparo nelle soffitte e nelle taverne ove insegna, e celebrando la Messa su tavole di cucina.

La mole del suo lavoro è tanta e la sua parrocchia è molto isolata. Giovanni sente il desiderio di appartenere ad una comunità e entra a fare parte dei Redentoristi, una congregazione di sacerdoti e frati dedicata ad aiutare i poveri e più abbandonati.

Primo fra i sacerdoti ad entrare nella Congregazione in America, prende i voti a Baltimora il 16 gennaio 1842.

Fin dall'inizio i suoi compagni religiosi lo stimano moltissimo per la sua santità evidente, per il suo zelo e la sua affabilità.
La sua conoscenza di ben sei lingue moderne lo rende particolarmente adatto a lavorare nella società multilingua americana del XIX secolo.

Lavora a Baltimora e a Pittsburgh, e nel 1847 viene nominato Visitatore o Superiore Maggiore dei Redentoristi negli Stati Uniti.

Padre Frederick von Held, Superiore della provincia belga alla quale le case Americane appartengono, dice di lui: "E' un grand'uomo in cui la pietà si unisce ad una personalità forte e prudente". Ha un gran bisogno di queste qualità durante i due anni in cui regge quell'ufficio, poiché la fondazione americana sta attraversando un periodo di aggiustamento molto provato.

Quando depone il suo incarico nelle mani di Padre Bernard Hafkenscheid, i Redentoristi degli Stati Uniti saranno ormai meglio preparati a diventare una provincia autonoma, il che avverrà nel 1850.

Padre Neumann viene nominato vescovo di Filadelfia ed è consacrato a Baltimora il 28 marzo 1852. La sua diocesi è enorme e sta attraversando un periodo di notevole sviluppo.